สีย้อมเรืองแสงหมายถึงสารที่ปล่อยคลื่นแสงที่มีความยาวคลื่นหนึ่งซึ่งมากกว่าคลื่นแสงที่ดูดซับแสงและส่วนใหญ่เป็นสารประกอบที่มีวงแหวนเบนซีนหรือเฮเทอโรไซเคิลและมีพันธะคู่ผัน
สีย้อมเรืองแสงที่ใช้กันทั่วไปมีคำอธิบายดังนี้:
(1) สีย้อมเรืองแสงที่นิยมใช้สำหรับการติดฉลากอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์
FITC (fluorescein isothiocyanate): สีเขียว 530 นาโนเมตร
PE (phycoerythrin): สีเหลืองส้ม 575 นาโนเมตร
การกระตุ้นด้วยเลเซอร์อาร์กอนไอออนความยาวคลื่น 488 นาโนเมตร
APC (Allophycocyanin): สีแดง 660 นาโนเมตร
เลเซอร์ He-Ne ความยาวคลื่น 630nm หรือเลเซอร์ไดโอดสีแดงกระตุ้น
PerCP (โปรตีนโพลีฟีคอกแซนธินคลอโรฟิลล์): สีแดงเข้ม 675 นาโนเมตร
PI (Propidium Iodide): สีส้มแดง 620 นาโนเมตร
(2) เซลล์เรืองแสงอัตโนมัติ
สัญญาณเรืองแสงอัตโนมัติเป็นสัญญาณรบกวนซึ่งในกรณีส่วนใหญ่จะรบกวนความละเอียดและการวัดสัญญาณเรืองแสงเฉพาะ ในการวัดอิมมูโนไซโตเคมี ฯลฯ สำหรับแอนติบอดีเรืองแสงที่มีระดับการจับตัวต่ำวิธีการปรับปรุงอัตราส่วนสัญญาณต่อเสียงรบกวนเป็นกุญแจสำคัญ
(3) การติดฉลาก Immunofluorescence
การย้อมสีมาร์กเกอร์ที่นิยมใช้คือการย้อมด้วยอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์โดยตรงและการย้อมสีอิมมูโนฟลูออเรสเซนต์ทางอ้อม เมื่อทำการวิเคราะห์แบบสองพารามิเตอร์หรือหลายพารามิเตอร์มักจำเป็นต้องทำการติดฉลากรวมของแอนติบอดีเรืองแสง ปัจจุบันมีฉลากสองสีสามสีและสี่สี

